W latach 1585–1588 dużo podróżował i zakładał nowe konwenty, między innymi w Kordobie, Sewilli, Éciji, Guadalcázar, Madrycie, Manchueli, Grenadzie, Caravace, Beas czy Bujalance.
Ostatnie lata 19 czerwca 1588 roku w Madrycie odbyła się kolejna kapituła generalna, gdzie Jan został wybrany pierwszym definitorem i przeorem w Segowii. W sierpniu przybył do miasta i wraz z robotnikami rozpoczął budowę klasztoru. Często zapraszał swojego brata Franciszka do siebie w odwiedziny. W 1590 roku popadł w konflikt z prowincjałem Dorią, który uważał że karmelitanki bose powinny być zarządzane przez konsultę, a nie przez jedną osobę. Na kapitule generalnej 1 czerwca 1591 roku Jan został pozbawiony stanowiska przeora i nie został wybrany do konsulty. Wkrótce potem wysłano go do La Peñueli, gdzie wkrótce potem przybył wizytator generalny Diego Ewangelista, który chciał zdyskredytować Jana i wcześniejszego prowincjała Hieronima Gracjana.