Tajna służba Doihary – Tokumu-Kikan Utworzył w nowo powstałym Cesarstwie Mandżukuo Tokumu-Kikan (Organizację Służb Specjalnych), tajną służbę odpowiadającą za wywiad, kontrwywiad i dywersję, której głównym zadaniem było zwalczanie antyjapońskiej opozycji w Mandżukuo. Służba ta miała na swoim koncie wiele niepowodzeń. Kilku chińskich, wyższych dowódców zostało oskarżonych o współpracę z wywiadem Doihary i zlikwidowanych przez siły Czang Kaj-szeka. Innym razem funkcjonariuszka Tokumu-Kikan, Chinka Yoshiko Kawashima, została zatrzymana w listopadzie 1945 przez chiński kontrwywiad i stracona.
Służba na terenie Azji Południowowschodniej W kwietniu 1941 otrzymał awans na stopień generała. Od kwietnia 1945 dowodził wojskami na Malajach i w Indonezji. Był odpowiedzialny za zbrodnie na alianckich jeńcach wojennych na Malajach, Sumatrze, Jawie i Borneo, m.in. za ograniczanie żywności oraz artykułów leczniczych. Wskutek tego typu praktyk (powszechnie stosowanych przez Japończyków) śmierć poniosły tysiące żołnierzy alianckich.