Z czasem pozycja skrajnych nacjonalistów wzmacniała się, a prezydent i jego otoczenie zaczęli tracić kontrolę nad sytuacją w państwie. Popularność prezydenta spadała także z powodu problemów ekonomicznych państwa i pogorszenia się sytuacji materialnej ludności Armenii. Nacjonaliści oskarżali prezydenta o nieudolność. Ter-Petrosjan tymczasem konsekwentnie opowiadał się przeciwko realizowaniu hasła budowy Wielkiej Armenii, eskalowaniu roszczeń terytorialnych wobec Azerbejdżanu i kontynuowaniu ofensywy poza obszar Górskiego Karabachu. Uważał, że polityka taka może jedynie zaszkodzić krajowi na arenie międzynarodowej.
14 czerwca 1993 odbył pierwszą oficjalną wizytę w stolicy Górskiego Karabachu Stepanakercie, by doprowadzić do usunięcia z rządu nieuznawanego państwa ormiańskich radykalnych nacjonalistów. Ich obecność w rządzie uniemożliwiała bowiem wypracowanie satysfakcjonujących dla Armenii rozwiązań dyplomatycznych konfliktu o region. Prezydent zdołał doprowadzić do ustąpienia przewodniczącego Rady Najwyższej Górskiego Karabachu dasznaka Gieorgija Petrosjana, którego zastąpił zwolennik Ter-Petrosjana Karen Baburian.