Prześladowania Jednak prześladowania buddyzmu przez konfucjańską dynastię Yi (Joseon) (1392–1910) zmusiły buddystów do połączenia się i chogye połączyła się w 1424 r. z dwoma szkołami doktrynalnymi (kor. kyo) ch’ŏnt’ae (odpowiednik chińskiej szkoły tiantai) i chongam. Było to tzw. Drugie Zjednoczenie. W wyniku tego powstała nowa szkoła sŏn (sŏn chong) (zaprzestano wtedy właściwie używać nazwy chogye; przywrócono ją dopiero w XX wieku), a pozostałe cztery szkoły doktrynalne: hwaŏm (chin. huayan, jap. kegon, wiet. hôa nghiêm), chaun, chungsin i sihung utworzyły szkołę doktrynalną (kyo chong). Trzeba tu dodać, że zarówno pierwsze jak i drugie zjednoczenie było głównie administracyjne. W najmniejszym stopniu nie rozwiązało to podstawowych różnic pomiędzy szkołami sŏn i kyo.
Chogye stała się więc nie tylko szkołą sŏn, ale w harmonijny sposób łączyła wszystkie nauki: egzoteryczne i ezoteryczne. Jednak już sama nazwa szkoły określa wielki wpływ praktyki konganowej (chin. Koan, jap. kōan, wiet. công an) hwadu (chiń. huatou).