25 sierpnia 1939 podczas wchodzenia do portu gdańskiego pancernika „Schleswig-Holstein” komandor Ziółkowski wraz z kilkoma innymi polskimi pracownikami Rady Portu i Dróg Wodnych został aresztowany przez policję gdańską za odmowę wprowadzenia tego okrętu do portu zamiast anonsowanego wcześniej przez Niemców krążownika Königsberg. Po kilku godzinach zwolniony i przywrócony na stanowisko, został ponownie aresztowany nad ranem 1 września 1939. Był więziony w obozie w Nowym Porcie, a następnie został osadzony w nowo powstałym obozie Stutthof. Zginął w jednej ze zbiorowych egzekucji działaczy polskich w Gdańsku – zdaniem Brunona Zwarry w dniu 11 stycznia, według większości innych autorów 22 marca 1940. Po ekshumacji, jego szczątki przeniesiono w 1947 na Cmentarz na Zaspie. mały|Grób Tadeusza Ziółkowskiego na Cmentarzu Ofiar Hitleryzmu na Zaspie thumb|Pamiątkowy obelisk na Nabrzeżu Ziółkowskiego w Gdańsku-Nowym Porcie, 2011
Odznaczenia Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski (2 maja 1924) Złoty Krzyż Zasługi (16 marca 1934) „za obywatelską działalność na polu ochrony interesów skarbowych”.