Przed wojną nie zdążono jednak uruchomić produkcji. W czasie II wojny światowej Niemcy zdemontowali częściowo fabrykę, a jej pozostałości (nominalnie magazyn broni i amunicji) produkowały na potrzeby Wehrmachtu – z wykorzystaniem pracy przymusowej miejscowej ludności oraz około tysiąca jeńców radzieckich z utworzonego w pobliżu Krajowic obozu. W zakładzie istniała silna grupa ruchu oporu. W grudniu 1943 dwadzieścioro siedmioro robotników zostało osadzonych w obozie w Szebniach pod zarzutem prowadzenia sabotażu. W czasie wojny zginęły w zakładzie 32 osoby.
Po wojnie fabryka, jak i większość Jasła była zniszczona. W 1950 roku podjęto decyzję o jej odbudowie, w oparciu o wyposażenie fabryki amunicji uzyskane z Niemiec w ramach reparacji wojennych. Produkcja została uruchomiona dopiero w 1956 r. Zakład otrzymał nazwę: „Wytwórnia Chemiczna nr 12 w Krajowicach” i początkowo cała jego produkcja miała być przeznaczona dla wojska. Okazało się jednak, że na zaspokojenie zapotrzebowania zamówień wojskowych wystarczy 10–15% mocy przerobowych zakładu. W związku z tym w 1957 r. uruchomiono produkcję środków ochrony roślin, żywic formaldehydowo-fenolowych stosowanych do płyt gramofonowych. W 1958 roku wytwórnia została przemianowana na Zakłady Chemiczne Gamrat.