W IX w. Ratyzbona była ważnym ośrodkiem państwa wschodniofrankijskiego. 13 stycznia 845 w Ratyzbonie przyjęło chrzest czternastu czeskich książąt. W opactwie benedyktyńskim św. Emmerama spoczywają królowie wschodniofrankijscy z dynastii Karolingów z rodzinami: Hemma (zm. 876), żona króla Ludwika II Niemieckiego; Arnulf z Karyntii (zm. 899); syn Arnulfa Ludwik IV Dziecię (zm. 911). Z tego okresu pochodzi słynna ratyzbońska saga Dollingersage o pojedynku ratyzbończyka Hansa Dollingera z pogańskim rycerzem Craco na Haidplatz.
Niektórzy historycy (m.in. Jerzy Dowiat) wskazywali Ratyzbonę jako miejsce chrztu Polski w roku 966, ale pogląd ten nie znajduje uznania wśród współczesnych badaczy.
W 1041 w Ratyzbonie został zawarty układ, na mocy którego książę czeski Brzetysław I zrzekał się roszczeń do ziem polskich z wyjątkiem zagarniętej części Śląska.