Wielki upadek przyniosła Trzebnicy epidemia w 1593, która zdziesiątkowała ludność. Następnie miasto było niszczone podczas wojny trzydziestoletniej, gdy przemarsze wojsk szwedzkich, cesarskich i oddziałów lisowczyków zdziesiątkowały miasto doprowadzając do wyludnienia. mały|Widok Trzebnicy około 1910–1930 mały|Najstarsza część kościoła w Trzebnicy z przybudowaną kaplicą dla pomieszczenia grobu św. Jadwigi
W połowie XVII wieku polsko-niemiecka granica językowa przebiegała niedaleko Trzebnicy, włączając miasto do terytorium o dominacji języka polskiego. Niewielkie ożywienie nastąpiło pod koniec XVII w., kiedy to ocalała ludność rozpoczęła uprawę lnu i rozwinęło się tkactwo. Przejście pod administrację pruską wzmogło akcję germanizacyjną, duża część mieszkańców mówiła po polsku, a księżmi i zakonnikami byli Polacy o nazwiskach Michałek, Bogaciński, Jankowski, Kalinowski. Do 1742 r. miasto należało do klasztoru i podlegało jego jurysdykcji. W 1764 władze wydały nakaz usunięcia księży i nauczycieli, którzy nie znają języka niemieckiego.