Stanowi ona główny punkt przesiadkowy dla pasażerów z dolnego Manhattanu, podróżujących PATH-em oraz liniami NJ Transit i Amtrak.
Penn Station leży na trzech poziomach. Zaczynając od góry, na pierwszym z nich znajdują się: poczekalnie, kasy biletowe i obiekty handlowe. Ze środkowego poziomu pasażerowie mają dostęp do linii metra (IND 8th Avenue i IRT 7th Avenue), oprócz tego podróżni mają do dyspozycji kolejne sklepy i poczekalnie. Na najniższym piętrze mieszczą się perony.
Połączenia Amtrak Acela Express - do Bostonu, Filadelfii, Baltimore i Waszyngtonu, Adirondack - do Montrealu, Cardinal - do Filadelfii, Waszyngtonu, Cincinnati i Chicago, Carolinian - do Filadelfii, Waszyngtonu, Richmond, Raleigh i Charlotte, Crescent - do Filadelfii, Waszyngtonu, Greensboro, Atlanty i Nowego Orleanu, Empire Service - do Yonkers, Croton-Harmon, Poughkeepsie, Hudson, Albany, Schenectady, Amsterdam, Utica, Rome, Syracuse, Rochester, Buffalo i Niagara Falls, Ethan Allen Express - do Albany i Rutland, Keystone Service - do Filadelfii, Lancaster i Harrisburga, Lake Shore Limited - do Albany, Syracuse, Rochester, Buffalo, Cleveland, Toledo i Chicago, Maple Leaf - do Albany, Syracuse, Rochester, Buffalo i Toronto, Pennsylvanian - do Filadelfii, Harrisburga i Pittsburgha, Regional - do Bostonu, Providence, New Haven, Trenton,