Jana Machulskiego przyznawane są w 9 kategoriach: Najlepszy Film (nagroda w tej kategorii przyznawana jest filmowi wybranemu spośród wszystkich filmów nominowanych) Najlepsza Reżyseria Najlepszy Scenariusz Najlepsze Zdjęcia Najlepszy Montaż Najlepsza Aktorka Najlepszy Aktor Najlepszy Film Dokumentalny Najlepszy Film Animowany
Czasami przyznawane są nagrody honorowe lub wyróżnienia.
Festiwale Nominacje do Nagród Polskiego Kina Niezależnego im. Jana Machulskiego przydzielane są na festiwalach kina niezależnego: CINEMAFORUM – Międzynarodowego Forum Filmów Krótkometrażowych, Ogólnopolskim Festiwalu Polskiej Animacji O!PLA, „Solanin Film Festiwal” w Nowej Soli, Międzynarodowym Festiwalu Niezależnych Filmów Wideo „Zoom – Zbliżenia” w Jeleniej Górze, Ogólnopolskich Spotkaniach Filmowych „Kameralne Lato” w Radomiu, „WAMA Film Festival” w Olsztynie, „Gdańsk DocFilm Festival”, Festiwalu Filmowym „OFFeliada” w Gnieźnie, „OKFA” Ogólnopolski Konkurs Filmów Niezależnych im. Profesora Henryka Kluby.
W historii Nagród im.