Zebrał wokół siebie niewielką grupę zwolenników.

W grudniu 1525 udał się z własnymi rozprawami teologicznymi do Wittenbergi, gdzie polemizował z wybitnymi teologami luteranizmu i samym Lutrem. Doprowadziło to do ostrego sporu, podczas którego zarzucił Lutrowi tworzenie „nowego papizmu (katolicyzmu)”. W wyniku tego utworzona przez niego grupa oderwała się od luteranizmu i we własnym zakresie zaczęła realizować ideał „pierwotnego Kościoła chrześcijańskiego”. Nasilający się konflikt z Kościołem luterańskim oraz z księciem legnickim spowodował, że Schwenkfeld wraz z wyznawcami organizował liturgię potajemnie.

Po pewnym czasie, powierzywszy kierownictwo nad swoją grupą religijną swojemu przyjacielowi Valentinowi Krautwaldowi, dobrowolnie opuścił Śląsk i zamieszkał w Strasburgu. Tam nawiązał kontakty z radykalnymi protestantami i zaczął krytykować miejscowych ewangelików.