ur. 14 czerwca 1947) i sekretarki z nowojorskiego Bronxu Arlyn Dunetz Jochebed (ur. 31 grudnia 1944). Rodzice jego matki byli Żydami aszkenazyjskimi z Węgier i Rosji. Wychowywał się z młodszym bratem Joaquinem Rafaelem (ur. 28 października 1974) i trzema siostrami: Rain Joan of Arc (ur. 21 listopada 1972), Liberty Mariposą (ur. 5 lipca 1976) i Summer Joy (ur. 10 grudnia 1978). Jego rodzice byli hipisami, żyjącymi w Ameryce Południowej, gdzie stali się członkami organizacji Dzieci Boga. W 1977 rodzina przeniosła się do Los Angeles i zmieniła swoje nazwisko na Phoenix od Feniksa, który odradza się z popiołów.
Kariera mały|Phoenix w 1989 River od wczesnych lat pasjonował się muzyką i aktorstwem. Mając dwanaście lat, trafił do serialu CBS Siedem narzeczonych dla siedmiu braci (Seven Brides for Seven Brothers, 1982–83) z udziałem Richarda Deana Andersona, Drake’a Hogestyna i Petera Hortona, w roli Guthrie McFaddena, za którą był nominowany do Young Artist Award dla najlepszego aktora w nowym serialu (1982) i otrzymał Young Artist Awards dla najlepszego aktora w serialu (1984). Wkrótce zagrał rolę młodego naukowca Wolfganga Müllera w filmie familijnym sci-fi Odkrywcy (Explorers, 1985) u boku Ethana Hawke’a.