Nie zaniedbał swych kontaktów z Indianami, odnosząc, w roku 1684, znaczny sukces, nakłaniając kilka plemion do zawarcia pokoju z FrancjąMiało to miejsce w miejscowości Niagara. W roku następnym, wobec wybuchu konfliktu zbrojnego pomiędzy plemionami Lisów i Odżibwejów, został mianowany komendantem fortu Bais de PuantsDzisiejsze miasto Green Bay w Wisconsin i przyczynił się do zawarcia pokoju. Dokonawszy tego, udał się na północ, na ziemie zamieszkane przez Dakotów, gdzie wzniósł Fort Saint-Antoine. Wiosną roku 1687 – gdy udał się na wyprawę w okolice Detroit – w Bais de Puants wybuchł gwałtowny pożar, który strawił jego zapas futer o wartości 40 000 liwrów. Perrot popadł w ruinę finansową, z której nigdy się już nie podniósł. Wrócił na wschód, gdzie w Montrealu pośredniczył przy zawieraniu kilku kolejnych traktatów pokojowych z Indianami. Wrócił jeszcze raz nad Missisipi, ale tym razem wyprawa była niebezpieczna i dwa razy z trudem uniknął spalenia na stosie przez jeszcze niedawno przyjazne plemiona. W roku 1690 zbudował Fort Saint-Pierre u ujścia rzeki Wisconsin i zebrał informacje o rzekomo bogatych kopalniach ołowiu na terenach dzisiejszego parku stanowego Apple River Canyon w północnym Illinois.