Druga wojna światowa przyniosła straty budynkom i zbiorom muzealnym. W wyniku prowadzonej polityki okupanta duża część zbiorów zaginęła, uległa zniszczeniu i rozproszeniu. Działalność Muzeum została wznowiona w sierpniu 1944 roku, po wyzwoleniu Lublina spod okupacji hitlerowskiej. Zinwentaryzowane po wojnie zbiory liczyły zaledwie ok. 3000 eksponatów. W 1950 roku muzeum upaństwowiono i przemianowano na okręgowe. mały|Muzeum Narodowe w Lublinie|206x206px Od 1957 roku muzeum przeprowadziło się do Zamku Lubelskiego. W roku 1987 powróciło do dawnej nazwy – Muzeum Lubelskie. W dalszym ciągu jest muzeum wielodziałowym. Zbiory liczą obecnie ok. 157 000 eksponatów. Oglądać je można na tematycznych wystawach. W siedzibie głównej na Zamku Lubelskim są to: ekspozycja archeologiczna, wystawa monet i medali. W 1999 roku muzeum wpisane zostało do Państwowego Rejestru Muzeów.