Program Misja specjalna był ponownie emitowany od września 2006, po tym jak został przywrócony na antenę przez prezesa TVP, Bronisława Wildsteina. Gargas została wówczas główną redaktorką audycji. Równocześnie mianowano ją wiceszefową redakcji publicystyki, a w 2007 awansowano na szefową, zaś w 2009 objęła stanowisko zastępcy dyrektora TVP1. Reportaże audycji dotyczyły afer i patologii we władzy i gospodarce, m.in. powiązań marszałka Sejmu Józefa Oleksego i jego rodziny ze spółkami paliwowymi, braku przeprowadzenia lustracji w Polsce. W jednym z programów odtworzono nagranie z rozmowy Adama Michnika z Aleksandrem Gudzowatym. Program był emitowany do marca 2009, kiedy to został zdjęty z ramówki, a Anita Gargas została zwolniona ze stanowiska kierownika Redakcji Publicystyki TVP1 przez ówczesnego p.o prezesa TVP Piotra Farfała. W marcu 2009 w jej obronie wystąpiła grupa osób z listem otwartym, uznając jej zwolnienie za ograniczenie wolności słowa. Była pomysłodawczynią programu telewizyjnego pt.