Wielka Brytania przekazała kontrolę nad wyspami Niemcom w 1890 (Traktat Helgoland-Zanzibar), w zamian za uzyskanie wolnej ręki w Zanzibarze. Pod rządami Cesarstwa Niemieckiego wyspa stała się bazą morską. Podczas I wojny światowej, ludność wyspy została ewakuowana do Niemiec kontynentalnych. W okolicy wyspy doszło w sierpniu 1914 do pierwszej bitwy morskiej tej wojny (bitwa pod Helgolandem). W 1918 ludność powróciła na wyspę. Również podczas II wojny światowej Helgoland stanowił niemiecką bazę morską. 18 kwietnia 1945 wyspa została doszczętnie zbombardowana przez nalot dywanowy 1000 bombowców alianckich, po którym ludność wyspy została ewakuowana.
Między 1945 a 1952 rokiem niezamieszkane wyspy były używane przez Brytyjczyków jako poligon bombowy. 18 kwietnia 1947 Brytyjczycy podjęli próbę wysadzenia głównej wyspy w powietrze wielką ilością materiałów wybuchowych, Doprowadziło do dalszych zniszczeń (pozostał tylko jeden budynek – wieża przeciwlotnicza). W 1952 wyspy zostały zwrócone rządowi RFN, po czym stopniowo przywrócono ich funkcje mieszkalne i turystyczne. Wcześniej, w Boże Narodzenie 1950, dwaj studenci z Heidelbergu i miejscowy rybak, wyważyli drzwi wieży przeciwlotniczej i zatknęli na niej flagę Niemiec, Helgolandu i Europy (sporządzoną przez siebie).