W 2001 w wywiadzie udzielonym Radiu ZET określił Mieczysława Wachowskiego mianem „wielokrotnego przestępcy”. 24 czerwca 2005 Lech Kaczyński w I instancji został uznany za winnego zniesławienia oraz skazany na grzywnę. Orzeczono wobec niego też nawiązkę na cel społeczny i zobowiązano do opublikowania przeprosin w prasie. Po apelacji Lecha Kaczyńskiego Sąd Okręgowy w Warszawie wyrokiem z 14 grudnia 2005 uchylił zaskarżone orzeczenie i sprawę przekazał do ponownego rozpoznania. Postępowanie karne zostało zawieszone (ze wstrzymaniem terminu przedawnienia) na mocy przepisów Konstytucji RP od 23 grudnia 2005 (w związku z objęciem urzędu prezydenta RP i przysługującego mu immunitetu), ostatecznie umorzone wobec śmierci oskarżonego.
Wiosną 2002 doprowadził do zjednoczenia PiS z Przymierzem Prawicy. Był prezesem PiS w latach 2001–2003, następnie do 2006 pełnił funkcję prezesa honorowego partii. W związku z objęciem urzędu prezydenta RP wystąpił z partii (podczas drugiego kongresu PiS, który odbył się 3 czerwca 2006).