W latach 1981–1994 włoscy specjaliści przeprowadzili prace konserwatorskie finansowane przez Telewizję Japońską. Oczyszczono freski, usunięto część zasłon umieszczonych na biodrach postaci Sądu Ostatecznego. Obecnie, podczas zwiedzania Kaplicy, nie wolno fotografować, filmować ani prowadzić rozmów. Przewodnicy omawiają poszczególne freski korzystając z tablic ze zdjęciami, umieszczonych na Dziedzińcu Pinii.
Co roku, przez jeden miesiąc, od godziny 17.30 do północy, kiedy z kaplicy wyjdą wszyscy turyści, wkracza do niej zespół specjalistów z Watykanu. Trwa wówczas sprzątanie, sprawdzanie pod kątem uszkodzeń, a następnie składany jest raport na temat kondycji Sykstyny.
Z Kaplicą Sykstyńską połączona jest (niedostępna dla zwiedzających) Kaplica Paulińska. Zdobi ją fresk „Ukrzyżowanie św. Piotra”, jedno z ostatnich dzieł Michała Anioła.