Beckenbauer trenował ostatni zespół reprezentacji RFN nieskładającego się z piłkarzy z NRD.
Następnie został trenerem francuskiego Olympique Marsylia, którego zespół prowadził zaledwie cztery miesiące. Jego następcą został Raymond Goethals, który poprowadził zespół do mistrzostwa Francji (1990/1991) oraz finału Pucharu Europy w edycji 1990/1991.
W okresie 7 stycznia-30 czerwca 1994 oraz 29 kwietnia-30 czerwca 1996 był trenerem Bayernu Monachium. Podczas pracy na ławce trenerskiej zdobył mistrzostwo Niemiec w sezonie 1993/1994 oraz wygrał Puchar UEFA w sezonie 1995/1996.
W 1994 roku został prezesem Bayernu Monachium. Wkrótce w związku z podjęciem decyzji o zmianie statusu klubu ze stowarzyszenia na spółkę akcyjną został przewodniczącym rady nadzorczej klubu, którym był do 2002 roku.
W 1998 roku został wiceprezydentem Niemieckiego Związku Piłki Nożnej. Pod koniec lat 90. Beckenbauer doprowadził do przyznania Niemcom organizacji Mundialu 2006, podczas którego był szefem komitetu organizacyjnego. Później pracował dla gazety „Bild”.
Afera w 2014 roku W czerwcu 2014 roku został zawieszony na 90 dni przez FIFA za brak współpracy w śledztwie dotyczącym rzekomej korupcji przy przyznaniu Rosji oraz Katarowi organizacji mistrzostw świata w piłce nożnej.