Wczesne życie Franz Beckenbauer urodził się w Monachium jako syn pracownika poczty, Franza Beckenbauera seniora (1905–1977) i jego żony Antonie (ur. 23 czerwca 1913 – 11 stycznia 2006). Dorastał w dzielnicy Giesing. Mimo negatywnego stosunku ojca do kariery piłkarskiej, w 1954 roku rozpoczął treningi w SC 1906 München.
Mimo że największym idolem Beckenbauera w dzieciństwie był mistrz świata 1954 Fritz Walter, grający w 1. FC Kaiserslautern, największym marzeniem przyszłego piłkarza, była gra dla lokalnego TSV 1860 Monachium. Jednak w wyniku turnieju młodzieżowego w 1959 roku, kiedy SC 1906 München spotkał się w finale z młodzieżową drużyną TSV 1860 Monachium zdecydował się wraz z kolegami z zespołu przejść się do lokalnego rywala TSV 1860 Monachium – Bayernu Monachium.
Kariera zawodnicza thumb|Beckenbauer, Gerd Müller, Udo Lattek w 1973 roku. Franz Beckenbauer w 1963 roku podpisał profesjonalny kontrakt z Bayernem Monachium, w którym zadebiutował dnia 6 czerwca 1964 roku w meczu ze Stuttgarter Kickers w rozgrywkach Regionalligi (wówczas 2. poziom rozgrywkowy w RFN). Rok później z Bawarczykami awansował do Bundesligi.