Po początkowym okresie entuzjazmu po proklamowaniu II Republiki hiszpańskiej, organizacje anarchistyczne i robotnicze stały się wrogie republice, nie realizującej ich postulatów i tłumiącej wystąpienia siłą. Sytuacja w kraju była w dalszym ciągu niespokojna. Durruti w tym okresie był organizatorem związkowym, agitatorem i wiecowym mówcą, konspiratorem i bojownikiem, wielokrotnie zatrzymywanym lub aresztowanym przez policję. Po nieudanym powstaniu górników w Katalonii w styczniu 1932 r., Durruti razem ze 110 działaczami robotniczymi został prewencyjne deportowany do kolonii hiszpańskich, skąd powrócił w kwietniu. Organizował następnie Rewolucję Libertarną w Saragossie w dniach 8 do 13 grudnia 1933 r., po upadku której CNT została zdelegalizowana.
Wojna domowa Po puczu generała Franco i wybuchu wojny domowej w Hiszpanii, CNT i FAI wspólnie organizowały oddziały milicji robotniczej. 19 i 20 lipca 1936 r. oddziały milicji pod dowództwem Durrutiego pokonały wystąpienie garnizonu wojskowego w Barcelonie, między innymi atakując koszary Ataranzaras (gdzie zginął Ascaso) i oblegając przez 33 godziny Hotel Colon. Następnie Durruti przystąpił do dalszej organizacji milicji i 23 lipca przygotował wymarsz na Saragossę na froncie aragońskim, dowodząc ochotniczą kolumną anarchistycznych milicji (znaną jako Kolumna Durruti).