Ponowna okupacja niemiecka rozpoczęła się z wybuchem wojny niemiecko-sowieckiej 22 czerwca 1941.
W latach 1941–1943 Niemcy i wspierająca ich Ukraińska Policja Pomocnicza zgładzili tutaj ok. 1500 Żydów z miasta i okolic. Z kolei w latach 1941–1947 nacjonaliści ukraińscy z OUN-UPA zamordowali w mieście lub w jego pobliżu 53 Polaków. Koniec okupacji niemieckiej nastąpił w Lubaczowie 22 lipca 1944, kiedy to miasto zostało zdobyte przez wojska sowieckie..
Po wojnie siedziba gminy Lisie Jamy. W 1945 do Lubaczowa tymczasowo przeniesiono stolicę arcybiskupów lwowskich, w związku z czym kościół parafialny został mianowany kościołem prokatedralnym. Obszar pozostały po Archidiecezji Lwowskiej w granicach Polski został mianowany „Archidiecezją w Lubaczowie” (jedynie na taką nazwę wyraziły zgodę komunistyczne władze, nazwa nie mogła przypominać o polskości Lwowa). Czasowo przewieziono tu pamiątki narodowe z kościołów na Wschodzie, wśród nich cudowny obraz Matki Bożej z Bełza (1951–1974) obecnie w Tarnoszynie, relikwie patrona konkatedry bł. Jakuba Strzemię (20 października 1966), urnę z sercem abpa Józefa Bilczewskiego.