Już w średniowieczu mieszkańcy Italii krytykowali cesarza i papieża za okrutne potraktowanie Jana XVI (w niemieckich źródłach nie pojawiła się krytyka). Italski eremita Nil pragnął zabrać oślepionego dziewięćdziesięcioletniego Jana XVI ze sobą do klasztoru, na co nie zgodził się Otton III i Grzegorz V. Według Kroniki Thietmara ludzie przerazili się nowym władcą, który uchodził za przyszłego cesarza pokoju.
Aby pozyskać w Rzymie większy autorytet Otton III nakazał wznieść nowy zamek cesarski na Palatynie. Podobnie jak cesarze rzymscy w swoich dokumentach używał tylko pieczęci. Na bullach znajdowała się dewiza Renovatio imperii Romanorum („odnowa cesarstwa rzymskiego”). Zostały wprowadzone także rzymsko-bizantyjskie tytuły urzędów. Będący kanclerzem Italii arcybiskup Herybert z Kolonii nazywał się odtąd logothet („mówca”) lub archilogothet („wielki mówca”). Inni zostali magister militum (dowódca) lub magister palatii („zwierzchnik pałacu”), patricius („przedstawiciel władzy”) czy praefectus navalis („komendant floty”). Protospatar („przewodniczący sądu”) musiał złożyć pocałunek na ramieniu władcy. Otton III wprowadził także zwyczaj spożywania posiłków samotnie, zasiadając przy półokrągłym stole ustawionym na podwyższeniu.