Potem na krótko trafił do niemieckiego KFC Uerdingen 05, a w 1999 roku zatrudniono Henka na stanowisku pierwszego trenera węgierskiego MTK Hungária Budapeszt, ówczesnego mistrza kraju. Ten Cate nie obronił jednak tytułu i po sezonie wrócił do Holandii i został szkoleniowcem drużyny NAC Breda. Z roku na rok zajmował coraz to wyższe miejsce z tym klubem: w 2001 – 9. miejsce, w 2002 – 6., a w 2003 – 4.

Latem 2003 po ostatnim sukcesie klubu z Bredy ten Cate został asystentem trenera FC Barcelona Franka Rijkaarda. Jako jego pomocnik w 2005 roku wywalczył mistrzostwo Hiszpanii oraz superpuchar, a rok później do drugiego mistrzostwa dołożył Puchar Mistrzów. W końcu latem 2006 zrezygnował ze stanowiska, które zajął rodak Johan Neeskens, a sam ten Cate poprowadził samodzielnie AFC Ajax. Jeszcze latem zdobył Superpuchar Holandii. amsterdamski klub doprowadził do gry zarówno w kwalifikacjach do Ligi Mistrzów, jak i Pucharu UEFA. Pod jego wodzą Ajax został wicemistrzem kraju oraz zdobył Puchar Holandii. Po słabych wynikach uzyskiwanych przez Ajax pod jego wodzą, 8 października 2007 roku zdecydował się odejść do Chelsea F.C. W londyńskim klubie będzie pełnił rolę asystenta trenera Awrama Granta. Dnia 29 Maja oficjalna strona Chelsea Football Club podała, że Ten Cate został zwolniony ze stanowiska asystenta managera.