W 1982 roku w związku z budową elektrowni jądrowej nad J. Żarnowieckim powierzono muzeum tworzenie założenia skansenowego w Nadolu. Ochroną konserwatorską objęto tradycyjną XIX-wieczną zagrodę wiejską. 23 czerwca 1987 roku udostępniono jednocześnie dwie nowe filie muzeum – wyremontowaną gruntownie „Kamienicę Mieszczańską” w Pucku oraz nadolski skansen „Zagroda Gburska”. W ten sposób powiększyły się możliwości wystawiennicze muzeum.
W 2000 roku z okazji 30-lecia Muzeum nadano placówce imię Floriana Ceynowy – kaszubskiego działacza społecznego i narodowego, badacza folkloru i języka kaszubskiego. W 2013 roku Muzeum przejęło pieczę nad zabytkową willą gen. Józefa Hallera we Władysławowie. Obecnie obiekt stał się oddziałem muzeum – „Hallerówka”.
Przeprowadzone w latach 2010–2013 prace modernizacyjne w kompleksie „Szpitalika” zaowocowały otwarciem 18 maja 2014 roku nowej ekspozycji stałej, której trzon stanowi prezentacja zbiorów etnograficznych. Aktualnie muzeum realizuje budowę Muzeum gen. Józefa Hallera we Władysławowie-Hallerowie oraz budowę „Zagrody kaszubskiej” w Ostrowie. W 2020 roku Muzeum obchodziło 50-lecie istnienia.