Członkowie rodu mieli jednak wykonać więcej niż przewidywała umowa z kapłanami i zamiast wznieść front świątyni ze zwykłego wapienia, użyli do tego celu marmuru paryjskiego, ; .. Na pograniczu Attyki, w Lejpsydrionie na Parnasie, wznieśli twierdzę, mającą służyć jako punkt wypadowy, lecz ponieśli klęskę i zostali stamtąd przepędzeni; ; ..
Synowie Pizystrata odwołali z wygnanie niektórych członków wrogich im rodów, wśród których znalazł się Alkmeonida Klejstenes, syn Megaklesa, pełniący w 525/524 roku urząd archonta eponymosa podaje w wątpliwość, czy Alkmeonidzi zostali wcześniej ogóle wygnani z Aten, skoro Klejstenes piastował tak wysoki urząd, dodaje jednak, że odczytanie imienia z listy archontów pozostaje niepewne.. Najwyraźniej nie udało się utrzymać osiągniętego w ten sposób porozumienia i niedługo potem Klejstenes musiał udać się na wygnanie do Delf; .. Najprawdopodobniej Alkmeonidzi pod jego przywództwem stali się inspiratorami interwencji Sparty w Atenach, do której zachęcać Spartan mogli również kapłani delficcyPytia przy okazji każdego spartańskiego poselstwa miała wskazywać na konieczność obalenia tyranii w Atenach. Być może takie poparcie wynikało nie tylko z prestiżu, związanego z odbudową świątyni, lecz również z przekupstwa, którego mogli dopuścić się Alkmeonidzi, o czym w swoim dziele wspominał Herodot, ;