Zadania Batalion, jako jednostka podległa 3 Flotylli Okrętów, jest przeznaczony do realizacji zadań wsparcia inżynieryjnego na korzyść jednostek Marynarki Wojennej. Przez cały okres swojego istnienia, jednostka intensywnie uczestniczyła nie tylko w realizacji zadań szkoleniowych, ale także pomagała społeczeństwu w usuwaniu klęsk żywiołowych oraz niewybuchów i niewypałów. Prowadzi szeroko zakrojoną akcję informacyjną wśród dorosłych, młodzieży i dzieci na temat niebezpieczeństw, jakie niosą pozostałości II wojny światowej i o prawidłowym postępowaniu z nimi.
Dodatkowo w składzie batalionu funkcjonuje pododdział chemiczny przeznaczony do realizacji przedsięwzięć umożliwiających wykonanie zadań zespołów okrętów i jednostek brzegowych w warunkach zagrożenia skażeniami, użycia przez przeciwnika broni masowego rażenia (BMR) oraz skażeń środkami promieniotwórczymi, biologicznymi i chemicznymi, spowodowanymi zdarzeniami typu ROTA (Release Other Than Attack), a także likwidacji skutków użycia BMR i klęsk żywiołowych.
Za działalność jednostki w 2010 roku 43 batalion saperów został uhonorowany przez Ministra Obrony Narodowej tytułem "Przodujący Oddział Wojska Polskiego".