Zawarty wówczas „traktat z Tybingi” ograniczył władzę książęcą i przyznał mieszczanom prawo wyborcze.

W latach 1519–1520 Tybinga znajdowała się pod okupacją austriacką, a książę Ulryk musiał opuścić miasto i udać się na banicję. Gdy w 1534 r. księciu udało się ponownie odzyskać władzę nad Tybingą, postanowił wprowadzić w mieście nowe, protestanckie porządki. Klasztory augustianów i franciszkanów zostały rozwiązane, a na ich miejsce powołano do życia seminarium i szkołę protestancką. Również na uniwersytecie zaczęto nauczać w duchu reformacji.

XVII-XVIII w. Rozwój Tybingi i jej uniwersytetu został zahamowany na skutek wojny trzydziestoletniej. W ostatnim okresie tego krwawego konfliktu Tybinga była przez 12 lat (1636–1648) okupowana przez wojska szwedzkie, austriackie i francuskie.

Dopiero wraz z końcem XVIII wieku położenie miasta zaczęło się stopniowo poprawiać.

XIX w. W XIX w. Wirtembergia uzyskała rangę królestwa, w wyniku czego Tybinga prosperowała coraz lepiej, stając się wkrótce jednym z głównych ośrodków nauki w Niemczech.