Dodatkowo Partia Demokratyczna zwiększyła swoją reprezentację liczebną w obu izbach Kongresu, co prezydent uznał za wyraźny mandat społeczny do realizowania swojego programu.
Równolegle z kampanią wyborczą miał miejsce incydent w Zatoce Tonkińskiej. 2 i 4 sierpnia Centralna Agencja Wywiadowcza i Pentagon sprowokowały kutry torpedowe Demokratycznej Republiki Wietnamu, by zaatakowały amerykańskie niszczyciele. Administracja rządowa przedstawiła kongresmenom i opinii publicznej ten fakt jako agresję na Stany Zjednoczone, co wzbudziło nastroje wojenne i zaowocowało uchwaleniem Rezolucji Tonkińskiej 7 sierpnia. Zakładała ona możliwość odparcia każdego ataku na USA i zapobieżeniu dalszej agresji.
Druga kadencja Obejmując „własną” kadencję prezydencką utworzył nowe ministerstwo – Departament Mieszkalnictwa i Rozwoju Miast, na którego czele stanął Robert Weaver, pierwszy Afroamerykanin w gabinecie Stanów Zjednoczonych. Drugim nowo powołanym ministerstwem był Departament Transportu. Prezydent powołał także pierwszego czarnoskórego Amerykanina do Sądu Najwyższego – Thurgooda Marshalla.