Małżeństwo to zostało zawarte z miłości i początkowo zyskało aprobatę Joanny. Wkrótce jednak doszło do sporu między siostrami na temat uposażenia młodszej. Joanna podjęła więc starania o unieważnienie małżeństwa Małgorzaty. Zwróciła się w tej sprawie do papieża Innocentego III, który 19 stycznia 1216 r. ekskomunikował Boucharda i Małgorzatę, ale nie unieważnił małżeństwa. Małgorzata wraz z mężem schroniła się w Luksemburgu, ale Bouchard został w 1219 r. pojmany. Wolność odzyskał w 1221 r. za cenę rozwiązania małżeństwa z Małgorzatą.
Kiedy Bouchard udał się do Rzymu, by uzyskać rozwód od papieża, Małgorzata – za radą Joanny – w 1223 r. wyszła za mąż za szampańskiego rycerza Wilhelma II z Dampierre (1196 – 3 września 1231), syna Gwidona II z Dampierre i Matyldy I z Bourbon. Wilhelm i Małgorzata mieli razem trzech synów i córkę: Wilhelma III (1224 – 6 czerwca 1251), hrabiego Flandrii i pana Dampierre Gwidona z Dampierre (ok. 1226 – 7 marca 1304), hrabiego Flandrii i margrabiego Namur Jana I (zm. 1258), pana Dampierre, wicehrabiego Troys, konetabla Szampanii Joannę, żonę Hugona III z Rethel i Tybalda II z Bar