Na jego grobie umieszczono pomnik.
Po jego śmierci czeska federacja zastrzegła na zawsze dla reprezentantów seniorskiej kadry Czech numer 15, z jakim występował na koszulce (zastrzeżono także numery, z którymi występowali dwaj inni czescy hokeiści - ofiary katastrofy: Karel Rachůnek i Josef Vašíček). W klubach występował także z numerem 15, zaś przed sezonem 2011/2012 wybrał numer 51.
W sierpniu 2012 podczas turnieju Romazana w Magnitogorsku uczczono pamięć Marka poprzez wywieszenie trykotu z jego nazwiskiem i numerem 15 w hali klubu Mietałłurg, w którym Czech występował przez cztery sezony i zdobył m.in. mistrzostwo Rosji.
W 2012 jego imieniem i nazwiskiem nazwano ulicę w dzielnicy Pragi, Dolní Chabry.
3 kwietnia 2013 w jego rodzinnym mieście Jindřichův Hradec zorganizowano towarzyski mecz Czechy-Łotwa. Przed jego rozpoczęciem dokonano uroczystej zmiany nazwy lodowiska na „Zimní stadion Jana Marka”.