W 1937 roku minister propagandy Rzeszy Joseph Goebbels umieścił go w grupie najważniejszych reżyserów odpowiedzialnych za produkcję nazistowskich filmów. Najgłośniejszym filmem Harlana z okresu II wojny światowej stał się nakręcony w 1940 roku Żyd Süss. Bohaterem filmu był Joseph Süß Oppenheimer, przedstawiony przez Harlana jako lubieżny żydowski bankier nienawidzący całego świata. W tę rolę wcielił się Ferdinand Marian, którego ucharakteryzowano na przedstawiciela narodu izraelskiego zgodnie z rasistowskimi wyobrażeniami nazistów (długi zakrzywiony nos itp.). Bardzo charakterystyczna jest finałowa scena, w której Żyd zostaje stracony za gwałt na Niemce. Harlan sugeruje widzom kogo należy zabić, aby zgodnie z propagandą oczyścić Europę z „podludzi”.
Żyd Süss stał się jednym z najgłośniejszych filmów antysemickich wyprodukowanych przez propagandę III Rzeszy. Po projekcji filmu w Marsylii doszło do zamieszek skierowanych przeciw Żydom.
Po wojnie Harlan stanął przed sądem w Hamburgu oskarżony o zbrodnie przeciwko ludzkości. Sędziom tłumaczył się twierdząc, że został zmuszony przez Goebbelsa do nakręcenia Żyda Süssa. 23 marca 1949 reżysera uwolniono od zarzutów. Po wojnie Harlan nakręcił kilka filmów.