W 1944 roku wraz z całym oddziałem został wcielony do 8 Dywizji Piechoty 2 Armii Ludowego Wojska Polskiego, w której dosłużył się stopnia kaprala. Zdemobilizowany z powodu złego stanu zdrowia w 1945 roku, podjął pracę w przedsiębiorstwie budowlanym w Warszawie, jednocześnie kontynuując naukę w gimnazjum i liceum wieczorowym dla dorosłych, zwieńczoną maturą w 1948 roku.
Po maturze Sikora podjął studia w Akademii Nauk Politycznych, a po upływie roku dostał się na studia w Wydziale Filozoficznym Uniwersytetu Warszawskiego. Pod koniec studiów pełnił funkcję młodszego asystenta katedry kierowanej przez Adama Schaffa. Studia ukończył w 1953 obroną pracy magisterskiej, przygotowanej pod opieką Niny Assorodobraj, pt. „Filozofia dziejów Karola Libelta”. Po studiach w UW został przyjęty jako aspirant do Instytutu Nauk Społecznych przy KC PZPR. W 1956 roku powrócił na uniwersytet, pracując w Katedrze Historii Filozofii Nowożytnej i Współczesnej, kierowanej przez Leszka Kołakowskiego. W 1962 obronił doktorat napisany pod opieką naukową Bronisława Baczki pt. „Problematyka historiozoficzna w dyskusjach emigracyjnych z lat 1832–1836”. W 1965 roku przebywał sześć miesięcy na stażu naukowym w Ėcole pratique des hautes Ėtudes w Paryżu, a w 1967 otrzymał stopień doktora habilitowanego za pracę „Posłannicy słowa”.