Więzienie opuścił w grudniu 1998, po obaleniu w Indonezji prezydenta Suharto.
W 1999 zaangażował się w działalność CNRT (Narodowa Rada Ruchu Oporu Timoru Wschodniego, Conselho Nacional Resistencia de Timor-Leste), dążącego do uzyskania niepodległości od Indonezji. Był odpowiedzialny za planowanie oraz działania koordynacyjne i informacyjne.
W latach 1999–2001 prowadził działalność dydaktyczną na Uniwersytecie Melbourne w Australii. Po powrocie do Timoru Wschodniego, w czerwcu 2001 założył Partię Demokratyczną. W wyborach parlamentarnych w sierpniu 2001 partia uzyskała 8,7% poparcia i 7 miejsc w Parlamencie Narodowym, stając się główną siłą opozycyjną w stosunku do partii FRETILIN. W październiku 2001 objął stanowisko wicepremiera spraw zagranicznych. Urząd zajmował do maja 2002, gdy opuścił całkowicie rząd. We wrześniu 2006 został ponownie wybranym przewodniczącym Partii Demokratycznej.
Fernando de Araujo wziął udział w wyborach prezydenckich 9 kwietnia 2007. Zajął w nich trzecie miejsce z wynikiem 9,18% głosów, za Francisco Guterresem oraz premierem José Ramosem Hortą, AAP (news.com.au), 18 kwietnia 2007.. 26 kwietnia 2007 ogłosił poparcie w drugiej turze głosowania dla premiera Ramos-Horty.