W 1935 przez zachodnią część parku przebito do placu Żelaznej Bramy i ul. Żabiej ulicę Marszałkowską. Projekt przebicia tej ulicy do placu Bankowego dokończyli Niemcy podczas okupacji, wykorzystując zniszczenia w czasie obrony Warszawy w 1939, w tym zwłaszcza zniszczenie i rozbiórkę oficyn pałacu Błękitnego.
Podczas obrony Warszawy we wrześniu 1939 spłonął trafiony bombą budynek Teatru Letniego. W wyniku pożarów ucierpiał także park. W okresie okupacji niemieckiej Ogrodowi Saskiemu nadano niemiecką nazwę Sächsischengarten. 4 maja 1942 został on zamknięty dla ludności polskiej.
W kwietniu 1945 oczyszczony z min park przekazano do użytku mieszkańców.
Drzewostan częściowo przetrwał wojnę, jednak wiele cennych starych drzew zostało uszkodzonych. Największą ich grupę stanowią kasztanowce. Rosną tam także m.in. topole czarne, wiązy, lipy drobnolistne, glediczje trójcierniowe, miłorzęby japońskie i klony pospolite.
W 1947 w parku wzniesiono murowany barak z przeznaczeniem na szkołę, który został rozebrany w latach 50. Przed 1950 usunięto otaczające park ogrodzenie. Został on także powiększony dzięki przyłączeniu do niego ogrodu Zamoyskich (od strony ul. Senatorskiej) oraz ogrodu Ministerstwa Spraw Zagranicznych (od strony ul.