Do eksplozji doszło z powodu błędów popełnionych podczas ładowania akumulatorów. Dla zaoszczędzenia oleju napędowego uruchomiono tylko jeden silnik Diesla, który oprócz śruby poruszał wirnikiem sprzężonego silnika elektrycznego, który w takiej sytuacji pracował jako prądnica. Wytworzony prąd zasilał drugi silnik elektryczny (poruszał drugą śrubą) i urządzenia okrętu oraz ładował akumulatory. Nad tym procesem wspólnie czuwali mechanik obsługujący silnik Diesla i elektryk sterujący rozdziałem wytworzonego prądu. Główny mechanik nie był marynarzem okrętu podwodnego (przysłano go z innego okrętu na tymczasowe zastępstwo), a elektryk był tuż po szkole i nie miał nawet uprawnień do pływania na okręcie podwodnym (został także przysłany tymczasowo). Podczas ładowania akumulatorów wydziela się wodór, dlatego też w takiej sytuacji muszą być one wentylowane — okręt posiadał specjalne kanały wentylacyjne. Okazało się jednak, że fale są zbyt wysokie i woda zalewa wloty tych kanałów. W związku z tym wydano rozkaz, aby zamknąć wloty, ograniczyć ładowanie akumulatorów (i tym samym zmniejszyć wydzielanie wodoru) i stosować wentylowanie przedziałów powietrzem z kiosku przez otwarte włazy. Niedoświadczony elektryk popełnił błąd i nadal akumulatory były ładowane prądem o zbyt wysokim natężeniu.