XVI wieku.
W okresie 1596–1608 miała miejsce dobudowa kaplicy Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny. W wyniku śmierci Krzysztofa Komorowskiego w trakcie jej trwania, prace zostały zakończone dzięki jemu synowi, Mikołajowi Komorowskiemu. W 1639 ze środków miejskiego pisarza Krzysztofa Mrzygłodowicza powstała także kaplica Ogrójca, którą wykonał mularz Jan Szczucki.
W 1645 w tylnej części nawy powstało zachowane do czasów współczesnych sklepienie, jak również czworoboczna wieża kościelna.
W 1711 kościół został w znacznym stopniu zniszczony w wyniku pożaru, na następnie do 1712 miała miejsce jego odbudowa. Nie doszło jednak wówczas do rekonstrukcji wieży. Została ona wyremontowana w 1745 nakładem Karola Wielopolskiego, powstał wtedy jej dach hełmowy, zachowany do czasów współczesnych.
W 1776 doszło do uszkodzenia wieży w wyniku jej uderzenia przez piorun. Jej rekonstrukcja miała miejsce dopiero w 1821 z inicjatywy proboszcza ks. Franciszka Augustina.
W 1903 wybudowana została nowa zakrystia.