Franciszek Zachara skomponował ponad 150 utworów, w tym utwory na fortepian, organy, koncert fortepianowy, utwory solowe, orkiestrowe i kameralne. Utwory te obecnie znajdują się w Bibliotece Uniwersyteckiej na Florydzie (Warren D. Allen Music Library, Florida State University), gdzie trwają czynności dotyczące prawa publikacji (2008). Większość tych utworów to materiały oryginalne lub kopie wykonane przez samego kompozytora. Niestety, znaczna część utworów zaginęła lub jest fragmentaryczna.
Utwory Franciszka Zachary przeniknięte są duchem polskiego romantyzmu, a w szczególności nawiązują do muzyki Fryderyka Chopina. Zachara był uznany za wspaniałego wykonawcę muzyki Chopina. Cała jego twórczość oparta jest na dwóch głównych filarach: Bach-Chopin, ale z nowymi pomysłami osadzonymi mocno w XX wieku. Można to zauważyć w okazjonalnie tworzonych transkrypcjach np. w Etiudzie op. 25 nr 9 na fortepian solo (również z wersją na 2 fortepiany) oraz w Walcu op. 64 nr 1 Fryderyka Chopina, jak również w transkrypcjach Liszta, Straussa oraz w 24 (25) Preludiach i Fugach (według wzoru J.S. Bacha) zatytułowanych "New Well-Tempered Clavicord", gdzie na zakończenie został dodany utwór na tematy Ernő Dohnányi. Na kompozycje Franciszka Zachary składają się preludia, fugi, walce i etiudy, pisane często w ilości 12, 24, 48.