Obie panie szczerze się nienawidziły – toczyła się pomiędzy nimi cicha walka o władzę.

Kiedy umarła Marianna Austriaczka w maju 1696 roku, pozycja Marii Anny na dworze wzrosła. W tym czasie pogodziła się z ostatnią wolą umierającej teściowej dotyczącą sukcesji po śmierci Karola II, by książę Józef Ferdynand Wittelsbach objął tron. Było to rozwiązanie kompromisowe pomiędzy kandydaturami Burbonów i Habsburgów, przez co zostało zaakceptowane w całej Europie. Los jednak chciał, że w 1699 roku książę niespodziewanie zmarł. Wtedy Maria Anna usiłowała namówić męża, by na następcę wskazał jej siostrzeńca – arcyksięcia Karola na następcę. Lecz małżonek, obawiając się rozpadu monarchii, wskazał kandydaturę burbońską: księcia Andegawenii – Filipa Andegaweńskiego, który po jego śmierci został królem jako Filip V Hiszpański.