Wszyscy udali się morzem do Gaety, gdzie stacjonowała większa część armii. Następnego dnia entuzjastycznie witany Garibaldi wkroczył do Neapolu i powołał prowizoryczny rząd.
Król Sabaudii, Wiktor Emanuel II zdecydował się na inwazję na ziemie papieskie i dalej do Królestwa Obojga Sycylii. 1 i 2 października oddziały Garibaldiego pokonały neapolitańskich rojalistów pod Volturno; w tym samym czasie padła Kapua.
Jedynie Gaeta, Messina i Civitella del Tronto dalej stawiały opór – ich oblężenie rozpoczęło się 6 listopada. Królewscy małżonkowie zachowywali się spokojnie i z godnością, nawet gdy przybyła francuska flota. Stawiali opór aż do 12 lutego 1861, kiedy Gaeta skapitulowała. Królestwo Obojga Sycylii, zgodnie z wynikami przeprowadzonego plebiscytu, zostało włączone do Królestwa Włoch.
Franciszek i Maria Zofia wiedli później wędrowne życie, podróżując po Austrii, Francji i Bawarii. Franciszek zmarł w Arco, w Trydencie (wówczas na terytorium Austro-Węgier, obecnie w północnych Włoszech).