Latem 1990 Fraser przeszedł do Feyenoordu za 2 miliony guldenów. W jednej linii obrony grał z Johnem Metgodem i Johnem de Wolfem. Już w pierwszym sezonie osiągnął z Feyenoordem sukces, jakim było zdobycie krajowego pucharu. W 1992 Feyenoord z Henkiem w składzie powtórzył ten sukces, a w lidze Fraser znów zaprezentował dobrą skuteczność – zdobył 6 goli. W sezonie 1992/1993 Fraser po raz pierwszy karierze wywalczył mistrzostwo kraju (Feyenoord miał 2 punkty przewagi nad PSV). Od tego czasu Fraser tracił jednak pozycję w zespole i coraz częściej siadał na ławce rezerwowych. W 1994 i 1995 dwa razy z rzędu ponownie zdobywał Puchar Holandii, ale w sezonie 1995/1996 stracił miejsce w składzie i zagrał ledwie w 1 ligowym meczu, w kolejnych dwóch po 7 meczów. W sezonie 1998/1999 Feyenoord zdobył mistrzostwo kraju, ale Fraser nie wystąpił w żadnym meczu i zdecydował się zakończył karierę piłkarską.