Okres świetności różnowierczego gimnazjum (od 1560 – przekształcono go w szkołę braci polskich) skończył się, kiedy Pińczów przestał być ośrodkiem reformacji w Polsce. Stanisław Orzechowski w 1563 napisał „Pińczowska Szkoła Ariańska rozproszona na niezliczone sekty, rozpłynęła się”. Szkoła istniała nadal, jako szkoła parafialna. Ten okres szkoły pińczowskiej związany był z rodziną Myszkowskich, która w 1588 kupiła dobra pińczowskie od spadkobierców Oleśnickich. Do niej uczęszczał Hugo Kołłątaj. Szkoła jako progimnazjum pracowała do 1914.
Zarządzeniem Ministra Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego z 1937 zostało utworzone „Państwowe Liceum i Gimnazjum im. Hugona Kołłątaja w Pińczowie” (państwowa szkoła średnią ogólnokształcąca, złożoną z czteroletniego gimnazjum i dwuletniego liceum), po wejściu w życie tzw. reformy jędrzejewiczowskiej szkoła miała charakter koedukacyjny, a wydział liceum ogólnokształcącego był prowadzony w typie humanistycznym. Pod koniec lat 30. szkoła funkcjonowała pod adresem ulicy Józefa Piłsudskiego 11.
Dyrektorzy Stefan Wasilewski (kier., dyr.