16 (4) czerwca 1889 roku miał miejsce, jeden z licznych pożarów. Podczas tego pożaru spalił się dach kościoła farnego oraz niektóre budynki. Mury kościoła i sklepienie pozostały w całości. Mimo to gubernator wołyński w Żytomierzu polecił zamknąć kościół farny w Ostrogu, a katolikom zezwolił jedynie na gromadzenie się na nabożeństwach w starej kaplicy cmentarnej.
Ostrogscy katolicy stanęli przed niebezpieczeństwem kasaty parafii i zamienieniem kościoła na cerkiew, czego liczne przykłady są znane z historii Kościoła katolickiego pod zaborem rosyjskim. Ostrogski kościół farny kilka lat stał w zapuszczeniu. Odbudowa kościoła w stylu neoklasycystycznym Przełom w sprawie kościoła w Ostrogu nastąpił w 1895 roku. 3 (15) listopada narodziła się córka cara Mikołaja II – księżniczka Olga. Parafianie ostrogscy z tej okazji, jeszcze w listopadzie, zwrócili się do carowej błagając, "aby na upamiętnienie szczęśliwego przyjścia na świat Wielkiej Księżniczki Olgi raczyła najłaskawiej przyczynić się do spełnienia ich gorącej prośby". Odpowiedź przyszła nader szybko, bo 15 grudnia parafianie ostrogscy otrzymali zawiadomienie z kancelarii dworskiej w Petersburgu, o tym iż ich prośba została przesłana do ministra spraw wewnętrznych.