Staraniem proboszcza Stanisława Jałocha w 1980 przeprowadzono ekshumację i pochowano zwłoki przy kościele w Płokach.
Proces beatyfikacyjny thumb|240px|Tablica upamiętniająca księży zamordowanych w Polsce Ludowej, umieszczona przy wejściu do Sanktuarium Matki Bożej Królowej Polskich Męczenników w Warszawie. Zrodził się lokalny kult kapłana męczennika. Z inicjatywy biskupa Juliana Groblickiego zaczęto gromadzić świadectwa i relacje. Archidiecezja krakowska rozpoczęła w 1992 jego proces beatyfikacyjny. Zebrane materiały poddano ocenie i przekazano do Stolicy Apostolskiej. 24 stycznia 2024 papież Franciszek zatwierdził dekret o męczeństwie ks. Rapacza. W lutym 2024 archidiecezja krakowska ogłosiła, że beatyfikacja polskiego męczennika odbędzie się w czerwcu tego samego roku. 19 kwietnia 2024 dokonano ekshumacji i kanonicznego rozpoznania doczesnych szczątków ks. Michała Rapacza i złożono w sarkofagu znajdującym się w ołtarzu bocznym sanktuarium Matki Bożej Opiekunki Rodzin Robotniczych w Płokach.
Beatyfikowany podczas uroczystej mszy świętej w sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Krakowie-Łagiewnikach 15 czerwca 2024. Prefekt Dykasterii Spraw Kanonizacyjnych kard.