W 1619 r. zbudowany został nowy kościół drewniany przez królową Konstancję, żonę Zygmunta III i podniesiony do godności kolegiaty. W 1628 r. po pożarze miasta odbudowano kościół wraz z prezbiterium z cegły palonej, w gotyku nadwiślańskim. W 1726 r. odbudowano nawę z cegieł, w 1844 kościół został odrestaurowany i odbudowano dwie wieże. Liczył on 34 m długości i 17 m szerokości, był tylko poświęcony.
Kościół Świętych Janów Chrzciciela i Ewangelisty (trzeci)
Gdy od 1926 Niezależna Prałatura Pilska obrała siedzibę w Pile, prałat tej jednostki kościelnej został proboszczem parafii, a kolegiatę podniesiono do godności prokatedry. W 1945 kościół został zniszczony. Wypalone mury po trzech próbach odbudowy zostały wyburzone.
Inne budowle parafialne i obiekty małej architektury sakralnej Plebania Plebania, będąca hipoteczną własnością Towarzystwa Salezjańskiego, została wybudowana w latach 1969-1972. W latach 1981–1986 dobudowano do niej nowe skrzydło, w którym mieści się Inspektorat Zgromadzenia Salezjańskiego i dom katechetyczny.
Działalność parafialna Zgromadzenia zakonne