W roku 1569 zachodniofryzyjska część biskupstwa została wcielona do nowo powstałych biskupstw Groningen i Deventer, co spowodowało, że wraz z nimi dostała się pod wpływy protestanckie.

Niewątpliwie najwybitniejszym władcą w historii księstwa był panujący po Ferdynandzie Wittelsbachu biskup Christoph Bernhard Freiherr von Galen (1650-78). Był równie efektywnym władcą w sprawach kościelnych, jak i świeckich. Na początek po długim oblężeniu zmusił buntujące się miasto Münster do uznania jego władzy. Po uwolnieniu swego terytorium od obcych wojsk, przyłączył do swego państwa część Arcybiskupstwa Bremy, a w walkach ze Szwedami podczas wojny Francji z koalicją zdobył część biskupstwa Verdun. Przywrócił należytą dyscyplinę w kościele i w oparciu o Kościół utworzył system oświatowy na terytorium swego państwa.

Biskup Klemens August Bawarski (1719-61), wnuk władcy Rzeczypospolitej Jana III Sobieskiego, był frywolny, pusty i lubował się w pompatycznych ceremoniach. Był także elektorem Kolonii, biskupem Paderborn, Hildesheim i Osnabrücku, a przede wszystkim od roku 1732 był wielkim mistrzem zakonu krzyżackiego. Czasy jego panowania to okres wielkich klęsk dla biskupstwa, szczególnie w latach 1734–1735 podczas polskiej wojny sukcesyjnej oraz podczas wojny siedmioletniej.