Dnia 24 września Osmanowie przypuścili kolejny wielki szturm, niemalże zakończony powodzeniem. I tym razem joannitom udało się jednak odeprzeć przeciwnika. Atak kosztował Osmanów kilka tysięcy ludzi, w tym wielu janczarów. Kolejne dni to kontynuacja ostrzału artyleryjskiego i próby zakończonych niepowodzeniem szturmów.
Zdrada i rokowania pokojowe Dnia 27 października 1522 r. kanclerz zakonu joannitów nakazał swojemu słudze potajemnie przedostać się do obozu przeciwnika, któremu zamierzał poddać miasto. Przygotowywany spisek wydał się jednak, a obaj zostali oskarżeni o zdradę i straceni. Walki o miasto toczyły się dalej, aż do końca roku, kiedy to sytuacja obrońców pozbawionych nadziei pomocy z zewnątrz stała się dramatyczna. W dniach 11-13 grudnia zarządzono zawieszenie broni, podczas którego doszło do rozmów z Turkami. Obrońcy odrzucili jednak tureckie żądania poddania miasta, wobec czego walki wybuchły na nowo. Kolejny szturm przeprowadzony 17 grudnia uszkodził znacznie wieżę obronną bronioną przez Hiszpanów. Przewidując bezcelowość dalszej walki, 22 grudnia joannici skapitulowali, otrzymując obietnicę swobodnego opuszczenia wyspy. Dnia 1 stycznia 1523 r.