Urodził się jako Napoleone Buonaparte w Ajaccio na Korsyce w szlacheckiej rodzinie pochodzenia włoskiego. Syn Carla Marii Buonapartego i jego żony Letycji. Miał liczne rodzeństwo: braci Józefa, Ludwika, Lucjana i Hieronima, oraz trzy siostry: Karolinę Bonaparte-Murat, Paulinę Bonaparte-Borghese i Elizę Bonaparte-Baciocchi. 21 lipca 1771 roku został ochrzczony jako katolik, w katedrze Ajaccio. Napoleon zaczął kwestionować swoją wiarę w wieku 13 lat. Biografowie opisywali go jako deistęEllis, Geoffrey (1997a). „Religion according to Napoleon”. In Aston, Nigel (ed.). Religious change in Europe, 1650-1914: essays for John McManners. Oxford: Clarendon Press. ISBN 0-1982-0596-1. s. 236, s. 239–241.. Buonapartowie mieszkali w swoim rodzinnym domu, zwanym Maison Bonaparte.
W styczniu 1779 został zapisany do seminarium duchownego w Autun, gdzie przez trzy miesiące uczył się języka francuskiego. Rektor seminarium, ksiądz Chardon wspominał go jako poważnego i zamyślonego. Nie nauczył się jednak poprawnej wymowy francuskiej i mówił z korsykańskim akcentem. Dzięki protekcji gubernatora Korsyki, 23 kwietnia 1779 roku został przyjęty do szkoły wojskowej w Brienne-le-Château. Był jednym z pięćdziesięciu królewskich stypendystów – na łączną liczbę stu dziesięciu uczniów.