Dekretem z 1887 r. ograniczono swobody miejscowej ludności, zmuszając ją do świadczenia pracy dla państwa i narzucając wybieranych przez państwo wodzów plemiennych. W latach 1898–1902 powierzchnię rezerwatów dla ludności tubylczej zmniejszono z 320 tys. do 124 tys. ha. Presja francuska doprowadziła do szeregu powstań, z których największe odbyło się pod przywództwem Atajego w 1878 r., kończąc się śmiercią ok. 200 Europejczyków i co najmniej 800 Kanaków. W efekcie przemian okresu kolonialnego populacja Kanaków spadła z 40–80 tys. w 1774 r. do 27 tys. osób (1921 r.).
Wojna na Pacyfiku W czasie II wojny światowej Nowa Kaledonia znajdowała się początkowo pod władzą francuskiego rządu Vichy, jednak francuskojęzyczni Polinezyjczycy zaczęli stopniowo sprzyjać Wolnym Francuzom generała Charles’a de Gaulle’a. Na niektórych wyspach zaczęto przeprowadzać plebiscyty w sprawie lojalności, jednak obecność w Nowej Kaledonii francuskiego okrętu z załogą wierną marszałkowi Philippe Pétainowi zapobiegła plebiscytom na szerszą skalę. Dopiero przybycie we wrześniu 1940 roku australijskiego lekkiego krążownika HMAS „Adelaide” do portu w Numei, spowodowało ze francuski okręt opuścił wyspę, co umożliwiło przejęcie władzy gubernatorowi oficjalnie sprzyjającemu de Gaulle’owi.