W 1810 roku majątek zakonu bernardynów w Prusach został zsekularuzowany. Budynek bytomskiego klasztoru został przejęty przez miasto i przeznaczony na szkołę (na jego miejscu znajduje się obecnie secesyjny budynek szkoły zbudowany w 1902 roku), w kościele urządzono magazyn, zaś w 1833 roku sprzedano go parafii ewangelickiej.
Po zakończeniu II wojny światowej kościół, wobec wysiedlenia ludności niemieckiej, pozostał bez wiernych. Świątynie zajęli katolicy, pod przewodnictwem księdza Zygmunta Staniszewskiego, przymusowego wysiedleńca z Kresów Wschodnich. Wtedy kościół uzyskał obecne wezwanie. Formalnie, budynek został przekazany Kościołowi katolickiemu w 1947 roku, w zamian za zwrot − również zajętego wcześniej − kościoła w Katowicach.
Od 1950 roku przy kościele powstała samodzielna kuracja, erygowana przez administratora apostolskiego, księdza Bolesława Kominka, a w 1952 roku parafia św. Wojciecha. W tym samym roku opiekę nad świątynią przejęli ponownie bracia mniejsi. Odbudowę kościoła zakończono w 1964 roku.
W 2025 roku przeprowadzano renowację kościoła, 27 lutego 2025 roku wstawiono odnowione główne drzwi do świątyni.
Architektura thumb|left|240px|Wnętrze kościoła św. Wojciecha